Ekologis Zooplankton

Plankton juga didefinisikan organisme yang mengapung pasif di laut. Meskipun demikian, distribusi zooplankton tidak homogen, namun terjadi “pengelompokan” posisi dari individual organisme yang menyimpang secara signifikan dari random distribusi di dalam sebuah area. Skala kelompok didefinisikan sebagai jarak atau waktu meliputi sisa yang tidak mngalami perubahan signifikan. Transfer energi dari produsen primer ke produksi ikan ditentukan oleh struktur  jarring-jaring makanan pelagik (Maar, 2003).
Penyebaran fitoplankton lebih merata dibandingkan dengan penyebaran zooplankton. Zooplankton berupaya ke arah mendatar dan tegak mengikuti kelompok fitoplankton dan jika sudah mencapai tingkat kepedatan tertentu perkembangan zooplankton akan berkurang sedangkan fitoplankton bertambah. Zooplankton melakukan migrasi secara vertikal.
Zooplankton setiap hari berpindah dari lapisan dalam ke lapisan permukaan laut menjelang malam dan kembali ke lapisan dalam menjelang pagi dan berada di lapisan dalam pada siang hari (Romimohtarjo dan Juwana, 2004). Gerakan ritmik ini disebut dengan gerakan vertical (migrasi vertical). Intensitas cahaya yang masuk ke dalam kolom air semakin berkurang dengan bertambahnya kedalaman perairan (Efendi, 2003). Cahaya mengakibatkan respon negatif bagi para migran, mereka bergerak menjauhi permukaan laut bila intensitas cahaya di permukaan meningkat. Sebaliknya mereka akan bergerak ke arah permukaan laut bila intensitas cahaya di permukaan menurun.
Perangsang utama yang diterima zooplankton yaitu cahaya dan berat jenis, namun perangsang ini dapat dimodifikasi oleh faktor lain seperti suhu, salinitas, kebutuhan makan, dll. (Romimohtarjo dan Juwana, 2004). Alasan zooplankton melakukan migrasi vertikal ialah (1) untuk menghindari pemangsaan oleh para predator yang mendeteksi mangsa secara visual; (2) untuk mengubah posisi dalam kolom air; dan (3) sebagai mekanisme untuk meningkatkan produksi dan menghemat energi. 
Distribusi Horizontal
Distribusi  plankton  secara  horizontal  lebih  banyak  dipengaruhi  faktor fisik berupa pergerakan masa air. Oleh karena itu pengelompokan (pathciness) plankton  lebih  banyak  terjadi pada  daerah  neritik  terutama  yang  dipengaruhi estuaria dibandingkan dengan oseanik. Faktor-faktor fisik yang menyebabkan distribusi plankton yang tidak merata antara lain arus pasang surut, morfogeografi  setempat, dan  proses  fisik dari  lepas pantai  berupa  arus  yang membawa masa air kepantai akibat adanya hembusan angin. Selain itu ketersediaan nutrien pada setiap perairan yang berbeda menyebabkan perbedaan  kelimpahan plankton  pada  daerah-daerah  tersebut.
Distribusi Vertikal
Distribusi  vertikal  plankton sangat  berhubungan dengan faktor-faktor yang  mempengaruhi  produktivitasnya, selain kemampuan pergerakan atau faktor lingkungan yang mendukung plankton mampu bermigrasi secara vertikal. Menurut Seele dan Yentch (1960) dalam Parsons dkk (1984), distribusi plankton di  laut secara umum menunjukkan densitas maksimum dekat lapisan permukaan (lapisan fotik) dan pada waktu lain berada dibawahnya. Hal ini menunjukan bahwa distribusi vertikal sangat berhubungan dengan dimensi waktu (temporal).
  Selain faktor cahaya, suhu juga sangat mendukung pergerakannya secara vertikal. Hal ini sangat berhubungan dengan densitas air laut yang mampu menahan plankton untuk tidak tenggelam. Perpindahan secara vertikal ini juga  dipengaruhi oleh kemampuannya bergerak atau lebih tepat mengadakan adaptasi  fisiologis sehingga terus melayang pada kolom air. Jarak dan waktu yang ditempuh pada saat migrasi vertical ini berbeda pada masing-masing jenis (Romimohtarjo dan Juwana, 2004). Lebih lanjut Romimohtarjo menjelaskan bahwa belum diketahui secara pasti apakah pengaruh cahaya terhadap proses migrasi zooplankton ini secara langsung atau melalui modifikasi reaksi terhadap factor lain.
Menurut Nybakken (1998) ada  beberapa mekanisme mengapung yang dilakukan plankton untuk dapat mempertahankan diri tetap melayang dalam kolom air yaitu antara lain:
Mengubah komposisi cairan-cairan  tubuh sehingga densitasnya menjadi lebih kecil dibandingkan densitas air laut.  Mekanisme ini biasa dilakukan oleh Noctiluca dengan memasukkan amonium klorida (NH4Cl) kedalam cairan tubuhnya.
Membentuk pelampung berisi  gas, sehingga densitasnya menjadi lebih kecil dari densitas air. Contoh untuk jenis ini adalah ubur ubur
Menghasilkan cairan yang densitasnya  lebih  rendah dari air laut. Cairan tersebut biasanya berupa minyak  dan  lemak. Mekanisme  ini banyak dilakukan oleh diatom maupun zoolankton dari jenis copepoda
Memperbesar hambatan  permukaan. Mekanisme ini dilakukan dengan mengubah  bentuk tubuh atau membentu semacam tonjolan/duri pada permukaan tubuhnya.